Desa Botto Mallangga merupakan hasil pemekaran dari desa Batu Mila. Sebelum pemekaran, desa Batu Mila terdiri dari kelurahan Botto Mallangga, Malino, dan Pariwang.
Kata Botto Malangga berasal dari bahasa Maiwa yang terdiri dari kata Botto dan Mallangga. Kata Botto sendiri diartikan sebagai sesuatu yang tinggi dalam hal ini adalah bukit, sedangkan kata Mallangga berarti bertingkat-tingkat. Jadi, Botto Mallangga diartikan sebagai bukit yang bertingkat-tingkat. Kata Maiwa sendiri merupakan sebutan bagi kerajaan yang berkuasa pada saat itu.
Pada masa pemerintahan Hindia Belanda, Botto Mallangga merupakan salah satu tempat bagi para raja-raja untuk memantau atau melihat situasi perlombaan menangkap rusa dan ditemani oleh dayang-dayang kerajaan. Botto Mallangga dulunya merupakan padang rumput yang hanya ditumbuhi oleh semak belukar sehingga memudahkan untuk melihat atau mengamati suatu kegiatan perlombaan menangkap rusa.
Kegiatan ini biasanya diadakan sekali dalam setahun, sedangkan puncak keramaiannya adalah ketika kegiatan ini dilaksanakan sekali dalam dua tahun. Kegiatan ini juga melibatkan atau mengundang kerajaan-kerajaan lain di Sulawesi selatan seperti kerajaan Mallusetasi dari Parepare, kerajaan Gowa, kerajaan Mandar, serta beberapa kerajaan lainnya. Sedangkan yang menjadi peserta kegiatan menangkap rusa tersebut adalah para anak atau remaja bangsawan yang diistilahkan sebagai para jemma-jemma.
Pada suatu masa kerajaan, seluruh masyarakat antar kampung diperintahkan untuk mengumpulkan rusa yang nantinya akan diikutkan dalam perlombaan. Menurut cerita orang-orang terdahulu, pada zaman kerajaan terdapat suatu aturan yang melarang penangkapan rusa tanpa adanya pemberitahuan kepada kerajaan. Barang siapa yang menangkap rusa tanpa adanya suatu pemberitahuan kepada kerajaan, maka akan dikenakan sangsi. Jika seseorang hanya berhasil menangkap satu rusa maka rusa tersebut harus diserahkan pada kerajaan. Sedangkan jika berhasil menangkap dua rusa, maka hasil tangkapan tersebut dibagi dua, satu rusa diserahkan kepada kerajaan, sedangkan rusa lainnya dapat dimiliki.
Untuk mengabadikan sejarah tersebut, maka Botto Mallangga pun dijadikan sebagai nama suatu desa. Adapaun kepala desa yang menjabat pertama kali hingga sekarang adalah:
Sebelum pemekaran,
- Alm. Muh. Arsyad
- Alm. M. Ibrahim
- Usman
Setelah pemekaran,
- Amri Dahamang
- Muh. Dansir (hingga sekarang)